O IGOT-ULisboa atribui uma importância central à avaliação e garantia de qualidade. Segundo os seus Estatutos, o IGOT promove periodicamente, nos termos da lei, a avaliação interna da sua qualidade, em articulação com os dispositivos de avaliação e de garantia de qualidade da Universidade de Lisboa. A garantia da qualidade, designadamente a existência de processos de recolha sistemática de informação tendo em vista a melhoria contínua, tem sido um eixo fundamental dos planos estratégicos de desenvolvimento institucional. O IGOT encontra-se a regulamentar um Sistema Integrado de Garantia da Qualidade (SIGQ-IGOT). Este privilegia os seguintes princípios:

1. Atender à realidade do IGOT, nas suas dimensões de ensino, investigação e ligação à comunidade;
2. Garantir a integração do SIGQ-IGOT no Sistema Integrado de garantia da Qualidade da Universidade de Lisboa (SIGQ-ULisboa);
3. Estimular a participação de toda a comunidade do IGOT — docentes, investigadores, estudantes e pessoal técnico e administrativo;
4. Caracterizar-se pela simplicidade, coerência, estabilidade e previsibilidade, sem prejuízo da inovação e modernização administrativa da gestão do sistema;
5. Garantir a transparência e a prestação de contas, sem prejuízo da segurança da informação, da privacidade e da proteção dos dados pessoais;
6. Assegurar a participação, colegialidade, rigor e empenhamento na vida académica;
7. Promover o desenvolvimento de uma cultura de qualidade nos vários domínios de atuação do IGOT, estimulando a abordagem por processos e a monitorização de indicadores de desenvolvimento;
8. Contribuir para a melhoria contínua das atividades desenvolvidas no IGOT.

O SIGQ-IGOT agrega todas as atividades do Instituto que contribuem para a garantia da qualidade das atividades desenvolvidas e para o cumprimento da sua missão, cabendo ao Presidente a responsabilidade da sua implementação e coordenação.

Para coadjuvar o Presidente nesta tarefa, encontra-se constituída nos termos do artigo 9.º dos Estatutos do IGOT, a Comissão de Avaliação Interna, com funções consultivas e responsável pela apresentação de propostas de gestão e melhoria do SIGQ-IGOT. Este órgão é constituído por:

1. O Presidente do Conselho Escola, com a possibilidade de delegar em membro doutorado do Conselho de Escola;
2. Um docente designado pela Assembleia da Área de Ensino e Formação;
3. Um investigador designado pela Assembleia da Área de Investigação e Desenvolvimento;
4. Um estudante designado pelo corpo dos estudantes do Conselho Pedagógico;
5. O funcionário não docente e não investigador membro do Conselho de Escola.